学校の試験では省略できるのは「目的格」だけで覚えとけばいいです。
(主格でも省略される場合がありますが、習ってなければいいです)
目的格が省略できない場合は、とりあえず次の2つで良いと思います。
①前置詞の目的語で、前置詞を前に持ってきた場合
(a) Kyoto is the town (which) my uncle lives in.
(b) Kyoto is the town in which my uncle lives.
(b)の場合が省略不可です。
②非制限用法(「,」を打つやつ)の場合
(c) Kyoto is the town, which my uncle lives in.