回答

Do you mind my having all the cookies?
mind ~ingで~することを気にする
Do you mind my(/またはme) ~ing?=私が~したら気にしますか?となります。
「(私が)クッキー全部食べたら気にする?」(=気にする/怒る?のようなニュアンス)。
ただし、日本語に直す時に「クッキー全部食べてもいいですか?」のようになることが多い。
しかし、英語の聞き方はあくまでも「気にしますか?」と聞いていることに注意。

①Actually yes. はい(気にします=つまり、食べちゃだめです)。actuallyは「実は、実際」のような意味 
②Thank you. ありがとう。
③Not at all. 全然気にしないですよ。(大丈夫ですよ) 
④Help yourself. ご自由にどうぞ。

We are expecting a few people come late. 何人か遅れてくる人がいると思う(予想している)。

「まだこれから来る人がいると思う」と言っているので、①かなと思います。

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