基本、助詞助動詞共に平仮名に直すが原則だと思います。同じ漢字でも読み方で品詞が変わることがあるのでそこは注意が必要です。また、再読文字(未、且、当などなど)は2回目の読みは必ず平仮名で書き下します。
例えば、之という漢字は「の」と読む場合助詞で平仮名に書き下しますが、「これ」のときは名詞なので漢字で書きます。よって、２つ以上の読みがある漢字では助詞助動詞とそれ以外の品詞という観点で覚えれば良いのではないでしょうか。
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