「なぜ平均海水面が標高の基準なのか」ということならば、「測量法という法律で定められているから」という答えになります。
標高は、洪水や津波から国民の命を守るための大切な情報です。水の流れは地形の起伏だけではなく、重力の分布も重要になってくるため、標高を定める際には地形と重力を考慮しなければなりません。平均海水面を重力と地形を考慮した上で陸地に延長した線を「ジオイド」といいます。このジオイドが標高を測量するのに重要になります。
地球楕円体からその地表面の高さを「楕円体高」地球楕円体からジオイドの高さを「ジオイド高」としたとき、
標高=楕円体高-ジオイド高
で求めることができます。
詳しい図などは資料集などを探してみてください。「ジオイド」などで調べるとあると思います。
