疑問詞が入った疑問文について考える時はその疑問文の回答になるような肯定文について考えるといいですよ。
例えば、今回の場合だと
Q 何時に学校は始まりますか?
A 学校は8時に始まります。
と、日本語で考えて、Aを英語にしてみます。
→The school starts at eight .
では、次にこの文を「学校は8時に始まりますか」という疑問文に直してみましょう。
→Does the school start at eight?
ここでやっと本題に入ります。
「何時に学校は始まりますか?」という疑問文で一番聞きたい部分は「何時か」というところです。
つまり、英語での回答としての「at eight」が聞きたいがための疑問文なのです。
よって、先頭は一番聞きたい「何時か」
→What time
その後は「at eight」を除いた疑問文を続けるだけで完成です。