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コンデンサーに正電荷が溜まるのは電圧をかけた時負電荷が移動することによって、あたかも正電荷が発生するように見えるのです。
今回の場合、C1とC2は最初電荷は0(正電荷と負電荷が一緒の数ある)です。スイッチɑに繋ぎ、時間が経過するとC1の上部、C2の下部にはそれぞれ+Q1、-Q2溜まるとする。この時、C1に+Q1が溜まるというのはC1の上部から-Q1だけの電荷が電池を介してC2の下部に移動したことになります。-Q2が生じるのはC1から負電荷を与えられた結果なので、C2からは電荷は移動していません。(逆に実質正電荷Q2がC1上部に移動したと考えることはできる。)つまり、電池間を移動した電荷の大きさはQ1またはQ2ということで、そこがqの部分です。
解答から分かるようにQ1=Q2なのでどちらでも良いことが分かります。