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nothing (that he had done) had been successful

nothing が先行詞で、関係代名詞節(that he had done) が修飾しています。

nothing (~) had been successful
というSV が見えます

関係代名詞節内で過去完了を作るhad
主節のhad been(過去完了)
それぞれ過去完了を作るhad ですから問題ありません。

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