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in〜は割とよく見る用法で、
"〜の際に"とか"〜において"

what is known as incubation
「孵化 として知られていること」

in what is known as incubation
「孵化として知られている行動 において・の際に」

come from the hen sitting on the eggs, keeping them warmは

from の目的語は動名詞the hen sitting on the eggs
the henはsittingの意味上の主語

keeping them warmは分詞構文で
the hen sitting on the eggsにかかっています。

そして、
the hen sitting on the eggs, keeping them warm
の全体に
in what is known as incubation
が副詞句としてかかっています

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