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wayが多義語で、しかも日本語にしにくいっていうのが悩ましいポイントだと思います。
「手段・方法」「〜なふうに」「様子・状態」などなど
一度お持ちの辞書でwayを引いたほうがいいと思います。

all the waysはknowの目的語になっていて
allは普通に「全ての」です。

not know all the ways にin which〜という、関係詞節がついているから、
「[in which〜]なwaysの全てを知っているわけではない」
not allだから部分否定であることに注意

ここでは「状態」とかっていう意味でwaysを使ってると思います。「状態」も100点の訳にはならない気がするけど、「方法」とかよりは良いような。
「言語の多様性が重要である、という状態の全てを我々は知っているわけではまだない」

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