鋭い指摘ですが、少々無理があると思います。
なぜなら、「子供は、正直は親から来るものだということを学ぶ。」は、what/be fromの意味を無視した訳だからです。
もし、is from … → comes from …(…に由来する、…によってもたらされる)であれば、意味は通じるかも知れません。
本文の前後を含めた文章、即ち文脈がなければ、正確な判断はできませんが、一般常識的には <what honesty is> が正解ですね。
【what honesty(S) is(V) (from their parents)(M)】の問題点
① whatが疑問詞の場合:どのような正直さが親の出身であるのか?? ※be from … …の出身である
② whatが関係代名詞・形容詞的用法の場合:全ての正直さは親の出身である?? ※what+名詞(…) = all the …
正しい構文と和訳::
Children(S1) learn(V1) <what(C2) honesty(S2) is(V2)>(O1) (from their parents)(M).
子供たちは、<正直さとは何であるのか>を(自分たちの親から)学ぶ。
参考にしてください。