子の英文の構造は以下のようになると思います。
<What(S1) (they(S2) think(V2)) is(V1) the most important(C1)>(S3) is(V3) the programming skills(C3).<第2文型:SVC>
<(彼らが考える)最も重要なこと>は、プログラミング技術である。
※they think:関係代名詞と一緒に使う「挿入節」のようなもので、S+think/suppose/believe等が関係代名詞の直後に来ます。
参考にしてください。