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(-1)^nのついているところがおかしいですね。

まず初めの2n*2n行列で右のn列と左のn列を交換して、左下に0が来るようにする。n回行の入れ替えがあるから(-1)^nがつく。
ブロック行列の行列式に従えば、
(-1)^n det[∂Pj/∂qk]
正準変換の母関数を使えば、
(-1)^n det[ - ∂²W/∂qk∂Qj ]
n*n行列だから成分の(-1)は行列式を(-1)^n倍させるので
(-1)^n (-1)^n det[∂²W/∂qk∂Qj ] = det[∂²W/∂qk∂Qj ]
最後に2階微分の順番を入れ替えて、行列の転置をとると、最終形になる。
最後の行列の転置の必要性はわかりづらいので、3*3行列などで確かめるとわかりやすい。

式でちゃんと書くなら、
行列 ∂²W/∂q∂Q を
(∂²W/∂q∂Q)ij = ∂²W/∂qi∂Qj
で定義する。このとき
(∂²W/∂q∂Q)ij = ∂²W/∂qi∂Qj = ∂²W/∂Qj∂qi = (∂²W/∂Q∂q)ji = ((∂²W/∂Q∂q)^T)ij
ゆえに
∂²W/∂q∂Q = (∂²W/∂Q∂q)^T
よって
det[∂²W/∂q∂Q] = det[(∂²W/∂Q∂q)^T] = det[∂²W/∂Q∂q]

正準変換
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