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形容詞です。名詞ならdepthになります。deepで名詞になる用法はありません。

rootsという名詞を、①going back millions of yearsという分詞のまとまりが修飾していて、
その後ろに, カンマがついて、②deep in the story of human evolutionというまとまりがありますね。

このカンマは「同格」を表していて、カンマの前の①の部分をカンマの後ろの②が説明してるんです。
「同格」というのは、カンマの前後で「文法的な役割が同じ」というのが本来の意味です。なので、
いま①がrootsを後ろから修飾する形容詞句なので、②のまとまりも同じようにroftsを修飾する形容詞句です。

②のまとまり全体でなく、deepという一語の単語に着目すると、
分詞(現在分詞〜ingと過去分詞)が名詞を後ろから修飾するのは文法で勉強するけど、形容詞が後ろから修飾するパターンはなぜか勉強しませんよね。

名詞を後ろから修飾する語句はどれも、関係代名詞+be動詞が省略されていると考えて良いです。分詞の場合も、to不定詞の場合もそうです。この形容詞の場合もそうで、なので②は(which is)deep in the story of human evolution ということです。

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