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回答

(1)
make fun of = ~を笑いものにする

本文but以降、
主語はhe = Jhon =笑いものにされている人
のため、受け身の形になっています。
(isは受け身のbe動詞)

ちなみにmakeは受け身になった際
byを前置詞にとるため
by peopleとなっています。

(2)
be surprised to 不定詞 = ~に驚く
(本文はwasなので過去の話)

hear O(ここではsomething) 現在詞(making)
= Oが~しているのを聞く
のミックスですね

本文一文目は、
「ビルは紙袋の中で何かがうるさい音を立てているのを聞いて驚いた」という意味になります。
驚いているのと、音を聞いているのは同じ時間軸のため、特に現在詞周りの時制が変化することはなく、シンプルにhear O 現在詞 の形となっていますね。

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