書こうと思ったら自己完結してましたねw
結論からいうと、どっちでもいいです。
【作る系の動詞】A of 材料
[材料]でAを作る
受動態にすると、特にmadeはよく熟語的に覚えるやつになります。目的語が主語の位置にくるのが受動態ですから、
A be made of 材料 [材料]でできている
今回の文でのof 材料は、その参考書のように副詞句と考えて 石で作る としてもいいし
名詞を修飾する形容詞句として、石で出来た墓 としてもいいです。
どちらとでもとらえることができます。
of 材料 のとき 材料の部分の名詞は冠詞(aとかthe)が付きません。この文でもstoneは無冠詞です。
無冠詞なので、どのような修飾関係であってもお墓の材料を表すof〜だとわかるので、
副詞句で訳すとしても形容詞句で訳すとしても、機械的に訳していて翻訳の意図が見えない「〜の」 という訳よりは、「石で出来た墓」とか「石で作る」の方が125倍良いです。