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applyは動詞なので
主語が三人称/単数形、動詞(時制)が現在形の時に
語尾にsが付きます
I think..., She thinks...
You go..., He goes...
I apply..., It applies...
これを三単現(三人称単数現在形)と呼びます。
konoさんがおっしゃっているのは名詞のルールで
その名詞自体が複数ある時、語尾にsを付けます。
an apple, apples
a book, books
a box, boxes
a city, cities
この違いを意識した上でこの疑問文を確認すると
疑問詞whichに変化している部分が主語になっています。
疑問詞whichにはAかBのどちらかが入ることになるので単数扱い
よって動詞のapplyに三単現のsがついたappliesになります。
もしかするとappliesをapplesと見間違えて
そこから色々勘違いが起きたのかもしれません。