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結論
漢字、ひらがな、どちらでもよい。
簡単に説明
助詞、助動詞に該当する漢字はひらがなで、
と習ったかと思いますが、必ずひらがなにするものと、
漢字でも良いものとがあります。
そもそも、訓点をつけて書き下しができるようにする、というのは、
一種の翻訳作業です。
翻訳する人によって、幅が出るのは必然です。
細かい説明
書き下しは一種の翻訳と書きましたが、
例えば、「読書」を書き下すとします。
すると、
・書を読む
・読書す
と、どちらで読んでも良いわけです。
訓点と送り仮名をつけた人、書き下し文を書いた人によって、
振れ幅があるわけです。
さて「如し」ですが、古典文法には「ごとし」という比況の助動詞があります。
では、「如」を漢字辞典ではどう扱っているのか。
辞書によって、
・助動詞「ごとし」の語幹
・「比況」をあらわす助字（助詞・助動詞のような分類です）
・同様である。似る。＝のようである。という動詞。
と様々です。
商文出版の『新明説漢文』では、「如し」はひらがなに直すべき漢字として扱われています。
明治書院の『漢文訓読入門』では、「漢字を残すか仮名書きに改めるかは、訓読者によって揺れも生じる」例として、「如し」が挙げられています。
ご参考までに。
丁寧に説明してくださってありがとうございます！
よくわかりました。