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その質問は例えば、ミカズキモが単細胞生物か多細胞生物か見分ける方法ということで、それぞれの単語の違いを聞いてるわけじゃないですよね？
絶対的なルールはないと思うのであくまで目安程度に覚えていてください。
○○菌という名前ではない生物は基本的に単細胞生物で真核生物です。（例外は窒素同化をする生物、例えば、クロストリジウムなどやシアノバクテリアなど）
逆に○○菌という名前の生物は単細胞生物で原核生物です。（例外は酵母菌が真核生物ということ。よく出ます。）
自分が受験生の時に考えた目安なので、かなりあいまいな目安でほかにも例外はたくさんあると思います。
結局は覚えてしまったほうがいいと思いますが、忘れたときなどに考える目安にしてみてください。
ありがとうございます。
うまく言えないんですけど、回答の後半のような答えを聞きたかったので知れてよかったです。