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等位基因（allele）是指一對染色體上「對應位置」的遺傳訊息。只要位置相應，控制同一性狀都是等位基因，不論是PP、Pp或pp。
甚至有些性狀不只有P或p兩種基因，例如ABO血型的基因就有Ia、Ib、i這三種可能，這種遺傳模式又被稱為「複等位基因遺傳 multiple allele inheritance」。排列起來就有以下幾種基因型：
Ia Ib 表現AB型
Ia Ia 表現A型
Ia i 表現A型
Ib Ib 表現B型
Ib i 表現B型
i i 表現O型
