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それぞれが指す領域のうち、細胞小器官を含むかどうかの違いがあります。
以下のように関連付けて覚えると良いと思います
原形質：細胞質（一般に細胞膜を含む）と細胞核をあわせた領域を指す。細胞の活動によって生じる細胞壁、細胞膜内の脂肪滴や澱粉粒など細胞の生きていない部分は原形質に含まず、後形質（副形質）と呼びます。
細胞質：細胞の細胞膜で囲まれた部分である原形質のうち、細胞核以外の領域を指す。細胞質基質と、小胞体、ゴルジ体、エンドソーム、リソソーム、ミトコンドリア、葉緑体、ペルオキシソームなど、生体膜で囲まれた構造体（細胞小器官）が該当します。
細胞質基質：細胞質のうち、細胞小器官を除いた液状の領域を指す。細胞質ゾル、サイトゾルとも呼ばれます。
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ご丁寧にありがとうございます！
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