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このif節と主節は分離して考えるとよいと思います。
まず、would not have ppより、仮定法過去完了を見抜くこと。
そして、if節は直説法で、even ifsvとなっています。couldを仮定法と捉えると、現在の話になってしまうので違うと考えます。だから、このcouldはcanの過去と考えるのです。
そうすることで、would not have ppとつじつまを合わせることができます。
仮定法となっているのは、主節だけで、if節はただの条件(譲歩)だということです。
終わった話ですみません、日本語の訳に囚われずに考えると、even ifを含めて仮定法としてもおかしくないように感じました。
文脈がないので判断しきれないのが正直なところなんですが、色々補って訳すと
「その相関関係の証明がいま現在有効であるとしても、それはその経験自体を過去に既に説明した、説明済みである、ということとイコールではない。」
ということだと思います。
どちらも仮定法過去完了だと文法的にわかりやすいですけど、何かの理論の証明って、その証明をした過去の一時点から、現在まで、その証明の効力が続きますから、even if〜の方は仮定法過去でも良いんじゃないかと思うのです。
even if〜の方の仮定法のニュアンスを補うとするなら
「その相関関係の証明がいま現在有効であるとしても（実際には有効ではないのだが・有効かどうかわからないのだが）、」
ということだと思います。
この一文の前後の文脈がわからないので、この文脈でおかしくなければちょっと考えてみてください。
横入りですみませんでした。
if節はただの譲歩です。条件ではないです。