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まず、ミトコンドリアや葉緑体が独自のDNAを持っていることが挙げられます。このDNAは環状であり、これは原核生物のDNAも環状だという特徴と一致しますね。これに派生して、ミトコンドリアや葉緑体は細胞の細胞分裂とは別に独自に増殖することができます。ただ、細胞外に取り出されると、自分の力では分裂できないんですよね。これを半自律的に増殖する、なんて言ったりもします。
まあまとめると、
独自の環状DNAを持っていて、半自律的に増殖するから。
みたいな感じでいいのかな、と思います。
他にも「ミトコンドリアや葉緑体は二重膜で構成されていて外側の膜と内側の膜の成分が違う」などの根拠が一応あったのですが、近年の研究ではそうとも限らないということが分かってきたので…共生説の決定的な理由にはならないとされています。ただ、このことを知らない先生も結構いますので、もしかしたらそのように教わるかもしれません…笑。
また、サンゴと藻（も）の1種が共生しているように細胞とミトコンドリア、葉緑体以外にも細胞に生物が共生しているケースがある、ということも1つの有力な理由です。（これはあまり問われることはありません。笑。）
分かりやすく説明していただき有り難うございます。🦖💕