専門生物の範囲になるんですが。
結論から言うと、細胞質基質でもATPは作れるからです。興味があったら下も読んでみてください。
解糖系（細胞質基質）で呼吸に関わる物質（グルコース）がピルビン酸に変換された後、ミトコンドリア内にその物質が入りクエン酸回路→電子伝達系を通して呼吸が行われます。
この過程の途中でATPが合成されます。
この時が解糖系（細胞質基質）で起こる反応によりATPが少し合成されます。この反応を気質レベルのリン酸化といいます。
ちなみにこのATPの量はミトコンドリアを通して生産されるATPの量の約1/17ぐらいでかなりすくないです。
