質問者さんの考えた訳で問題ないと思います。
英語と日本語の齟齬でこういうことはよくあります。
just as〜は副詞節で前半が主節だから、副詞節を先に訳して、それが主節につながるようにする
という基本的な訳し方をふまえると、
それぞれの節の時制が関係して前後関係がおかしくなるということですね。
これは、その日本語への基本的な訳し方が原因なのです。本来の英語では前に書いてあるものを後から訳して、後ろに書いてあるものを先に訳すからおかしくなっちゃうんです。
でも日本語の仕組み上それは仕方ないことだし、どうしようもないんですよね。
英語では主節と従属節という節の形式にとらわれることなく、文の内容的に前提となること（旧情報）を先に書いて、その文で言いたいこと（新情報）を後におくことが基本です。
そうすると今回のように主節の後ろに従属節がある場合、主節の内容が旧情報に当たるわけです。
英語を英語のまま読む場合、当然ながら前から後ろに向かって読んでいきます。つまり
主節の方を先に読んで、そのあとjust as〜の内容を読みます。
そして、ふたつの節の内容が、just as という「まさしく同じ」という関係でつながっている、と理解します。
そんで旧情報が前、新情報が後ろなので、
旧情報 なのとまさしく同じで 新情報 だ
ということを言ってるとわかります。
だから、日本語でもこの点がはっきりするように意訳すると、質問者さんの示されたような訳になります。
ただし、主節の後ろに従属節があると今回のようなことが、必ず起こるというわけではありません。
例えば今回の場合は、時制の前後関係が絡んでいますよね。
主節と従属節という、文の形式を踏まえて訳す
という基本のやり方で、日本語として問題なく通じるなら、その方が無難ではあります。少なくとも誰かにその訳を評価される際には…
The English language has been for centuries 一just as it will continue to change in the future.
主節とjust as〜のまとまりが
ダッシュでつながってるので
単純なカンマで副詞節がついているのよりも、
主節と副詞節のあいだに切れ目が深いと考えた方がいいかもしれません。
ダッシュは説明の"付け加え"なので
だから今回は主節だけ先に訳して、just asの節を付け加え的に訳しておけば良いのではないでしょうか。
英語は何世紀ものあいだ変化し続けてきたのだ。（そして将来もまさしく同じように、変化し続けるだろうけども）
和訳問題の回答としては適切ではないかもしれませんが。