どのようなプラスミドDNAを使って形質転換させるかによって結果が違ってきます。その部分の情報が欠けているので答えるのが難しいのですが、、、
amp（ampicilline, アンピシリン）とara (arabinose, アラビノース)を含んだ培地を使っているので、問題としては、
・アンピシリン抵抗性遺伝子(AmpR)
・アラビノースオペロンで調節されるレポーター遺伝子（GFPやルシフェラーゼ）
を持つプラスミドDNAを使っているのでしょうか。
形質転換によってアンピシリン抵抗性遺伝子が導入されるので、どちらのプレートでも大腸菌が増殖しコロニーができます。
しかし、LB/amp/araプレートにだけアラビノースが含まれているので、そのプレートのコロニーだけレポーターを発現します（緑の蛍光だったり、発光だったり、レポーターの種類によります）。
ということではないかと思います。
問題についてもう少し詳しい情報があると良いのですが。。。
