分子とは原子という粒が集まったものです。
酸素分子や水分子などがあります。
原子とは物質の最小の粒子のことで、全ての物質は原子が集まってできています。
酸素分子は酸素原子が2つ、水分子は酸素原子1つと水素原子2つが集まってできています。
分子からできていない物質というのは、塩化ナトリウム(NaCl)で表すと、ナトリウムと塩素が無数に規則正しく並んでできているものです。(写真参考)
化学式とかをやると思うのですが、水分子は水素原子(H)が2つの酸素原子(O)が1つでH2Oと表しますが、分子を作らない物質は無数に並んでいるのでH2などと表せず、NaClと各原子が一つずつの表記になります。
長文失礼しました。
わかりづらかったらまた質問どうぞ。