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説明の仕方が難しいのですが、添付した図を見ながら読んでみて下さい。
まずプラスミドaの地図を描きます。
問題文の下から3行目に「ApaI, NheI, HindIIIにより、それぞれ1箇所のみで切断される」とありますので、ApaI, NheI, HindIIIで切った結果とNheI, HindIIIで切った結果を比べることから始めると描きやすいと思います。
ApaI, NheI, HindIIIで切れる場所を決めたら、次にXbaIで切れる場所を決めます。少し大変なのは、XbaIがプラスミドaを2箇所で切るという点です。
パズルのように色々と組み合わせを考えると、添付した図Aの左のような地図になります。
次にプラスミドbを考えます。
プラスミドaをXbaIとNheIで切断したあと、もう一度つなぎ直してプラスミドbを作ったということですので、添付した図でいうと、青の部分、赤の部分、オレンジの部分の順番や向きが変わって繋がっていると考えます。
このとき、非常にややこしいのですが、問題の図2のNheIによる切断面とXhaIの切断面を見て下さい。
それぞれの酵素が切る配列は違うのですが、切った後にハミ出る配列が同じです。
ですので、NheIの切断面とXhaIの切断面はリガーゼで繋がります。ですが、最初と最後の塩基が変わってしまうので、もうNheIやXhaIで切ることは出来ません。添付した図Bを見てみて下さい。
このことを考えながら青の部分、赤の部分、オレンジの部分の向きを変えたり順番を入れ替えると、添付した図Aの右側のような地図になります。
このようにして描いた地図を見ながら問4〜問9を解くことが出来ると思います。
けっこう難しい問題ではないでしょうか。