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問１
１枚目のコドン表を見て分かりますように、ひとつのアミノ酸には複数のコドンが対応しています。たとえば、アラニンに対応するコドンは「GCU」「GCC」「GCA」「GCG」の４つあります。
同様にトレオニンに対応するコドンは「ACU」「ACC」「ACA」「ACG」の４つ。
ですので、
アラニンートレオニン
という２つのアミノ酸のつながりを決める組み合わせは、４ｘ４＝１６通りあるということになります。
このような感じで、問１を求めることができると思います。
問２
ペプチド鎖が短くなったということは、１文字変化することで、終止コドンができてしまったということを意味します。
コドン表をみますと、終止コドンは「UAA」「UAG」「UGA」の３つあります。
アラニンートレオニンーバリンーアルギニンーアスパラギン酸
の中で、アスパラギン酸に対応するコドンは「GAU」と「GAC」です。上の終止コドンと１文字違いのコドンはないので、アスパラギン酸に対応するコドンが変わっても、ペプチドは短くならないとわかります。
次にアルギニンに対応するコドンを見てみます。「CGU」「CGC」「CGA」「CGG」「AGA」「AGG」の６つあります。この中で終止コドンと１文字だけ違うのは
「CGA」（アルギニン）=>「UGA」（終止）
「AGA」（アルギニン）=>「UGA」（終止）
の２つあります。
同様にチェックしていくと、バリン、トレオニン、アラニンに対応するコドンは終止コドンと２文字以上違いますので、そこのコドンが変わってもペプチドは短くなりません。
ということで、
アラニンートレオニンーバリンー「CGA」か「AGA」（アルギニン）
になる組合わせを計算します。
問１と同様に計算して
4x4x4x2= 128 通り
になるのではないでしょうか。
問３は、真核生物の開始コドンが、「メチオニン」に対応する「AUG」であると覚えておくのが良いと思います。
違ってたりわからない箇所がありましたら、コメント下さい。
さっぱり意味わからなかったのに凄く理解出来ました。とても丁寧で詳しく説明して下さりありがとうございます。本当に助かりました！