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内申点はそれぞれの教科の点数で決まるので各教科の小テストや提出物ができないことを除けば影響はないと思います。
ただ受験する学校への内申書に欠席日数が書かれるのであまりにも休みが多かったら面接で理由を聞かれたり、推薦が取れない事はあると思います。
まあ入院等仕方ない理由の長期の欠席はその旨が内申書の備考欄に書かれるし、推薦も取れると思います。
ずる休みと一般の風邪を合わせて常識の範囲内なら大丈夫だと思います。(あくまで僕の県の話です)
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