そうですね^^
①He didn’t understand { } well.
=彼は{ }をよく理解してなかった。
*well=よく、うまく
② [what] she said in English.
=彼女が英語で言った[何か] 。
言い換えると、
=彼女が[何]を英語で言ったか。
最後に、①の{ }の中に②の文を入れてみると、
He didn’t understand { [what]she said in English } well.
=彼は{ 彼女が[何]を英語で言ったか }をよく理解してなかった。
そこに付け加えて、
It seems that... = ...の様だ。
が入りますね。なので記載の日本語訳で合ってます!
ここまで言わなくても、
お分かりでしたとは思いますが^^;
長々と説明失礼しました。