✨ Jawaban Terbaik ✨
亡くなったとはいえ、結婚している状態
という考え方はロマンチックだけど、
実際はそういう考え方をしない、だから過去完了になる
というのが答えです。
3年前にお母さんは亡くなったんですよね。
で、お父さんとお母さんはその3年前という過去の時点までの49年間(つまり、過去より前の大過去からの49年間)結婚して夫婦でいたと言いたいので
had been married になります。
ちなみに、その直後の文は仮定法だけど、この文は仮定法ではありません。3年前まで49年間夫婦でいた、という「事実」を述べています。
だからその次の文で、あと1年もしないで金婚式だったのに(実際にはそれが叶わなかった)という仮定法過去完了の文が使われています。
I wish〜の文でなければ、had + 過去分詞の普通の過去完了形が仮定法過去完了として使われることはあまりないんじゃないかと思います。