理系はさっぱりで内容はよくわかんないんですけど、正解の訳文から判断する限りは、
water must enter the reactionなんだけれども
ただそうなのではなくて
but以下の状況においてそうならないといけない
と言ってるってことですよね。
等位接続詞（andとかbutとか）は、
文と文（節と節）をつなぐときは
接続詞の前にカンマをつけないといけない、
という決まりがあります。
じゃあ逆に考えて
andやbutの前にカンマがついていたら
"必ず"節と節がつながっているのか
と言われると微妙ではあるけど、
可能性はもちろんあります。
今回の文は
water must enter the reaction, but となっているから
butの後ろには節が来るかも、と思って読むと
at a later stage
and
not in a way〜
と２つの副詞句がandでつながってるだけで
終わってしまっていますね。
だから、もし節が来ないといけないとすると
（これが"必ず"節が来るかは微妙だから厄介なのですが）
なんらかの主語+動詞を含んだまとまりが、
butの直後に省略されている
と考えることができます。
省略っていうのは、
常識的に明らかにわかることだから省くか
もしくは同じことを既に言ったから重複を避けるために省くか
のどちらかが基本だと思うので
water must enter the reaction,
but (water must enter the reaction) at a later stage
and not in a way that will affect the rate law.
こんな感じでbutの前のことがそっくりそのまま省略されていて、
at〜とnot in a way〜がこの省略された部分にかかっていると解釈すれば、模範解答の訳文にたどりつけます。
訳文から逆算して考えているので、
理系の専門知識のある人たちがどう読むのかはわからないですが
すみません一つ訂正
> 等位接続詞（andとかbutとか）は、
>文と文（節と節）をつなぐときは
>接続詞の前にカンマをつけないといけない、
これ、（節と節）はカットしてください
独立した文同士を繋ぐときは、接続詞の前にカンマが要ります。これは正しいのですが
例えばthat節とthat節とか、if節とif節とかをつなぐ場合はカンマなくても大丈夫なはずです
この部分以降で"節"と言っているのは、
"独立した文"の誤りです。