私のやっていた勉強法なんですが、日本史はWINSTEPというワークをやっていた(あと、2年生の時はゼミナール日本史、センターちょっと前はマーク式のやつも)ので、それをやってみて分からなかったところや模試でどうしても苦手な単元をルーズリーフに書いてバインダーにまとめてました。ちょっと時間はかかるけど、図示すると頭に入ってきやすいです。
私はスタートが遅くて苦労したので、早いうちから取り組んでおくといいと思います！
あと、個人的に青ペンはまじで赤より頭に入ると思います。