いつの話をしてるのか、を大切に考えてみてください!
これは昨夜の話をしているので過去の話です。なので最初に過去のDidが来ます。
実際にはYou didn't do your homework last night right?みたいな感じでも通じるのですが、いずれにせよ過去の話をしているのでDidが頭にきます。
その言い方はあまりしませんね。
宿題をやったのか、やってないのか、相手にシンプルに答えを聞いているので
Did you do your homework last night?で十分です?
あとどうしてもDid you don't your homework last night ? になってしまいます。これだと意味は変わりますか?