答えはwhoだったのですが、目的格の省略と考えてwhomにはならないのですか??
⇒ 英文の主語、動詞を明確にして、構文を整理します。
There was(V1) no comment(S1) (from the lady) <(who)(S2) [I(S3) thought(V3)] was(V2) sure(C3) to protest.
<私が>必ず抗議する<と思った>女性からは何のコメントもなかった。
※who(S2) was(V2) とつながっているのです。 [I thought]があるために間違いやすくなります。
要注意:関係代名詞+I think❣ → (I think)を除いて考える
参考にしてください。