まず「beenは行くとかそういう意味だと思う」は早めに捨てた方がいいです。
beenは単にbe動詞です。
例・I am happy.(私は幸せだ)(現在形)
・I have been happy.(私はずっと幸せだ)(現在完了形)
こんな具合です。
なのでThis store is empty.を現在完了にすると
This store has been empty.になるのです。
当然「行く」なんて意味は微塵もありません。
そこで「いやいや、have been toは行ったことがあるって習ったぞ」って思うかも知れません。そこからbeenは行くだという誤解が出てきてるのだろうと想像するのですがどうでしょう。「have been toは行ったことがある」という知識自体は間違えではありませんが、何でそんな訳になるのか、せっかくなので探ってみましょう。多くの場合「そういう意味になるから覚えなさい」とだけ言われてる可能性が高かろうと思います。
I have been to Hawaii.(ハワイに行ったことがある)という文を無理やり現在形にするとI am to Hawaii.となりますが、こんな文見たことないですよね。toのあとは目的地になるのでこのtoをinとかにしちゃうと話し手がハワイにいることになってしまいます。なのでto Hawaii(ハワイに対して→ハワイに関わりを持って)been(存在する)となり、「今はハワイにはいないけど、ハワイが目的地だったことが過去にあったのだ」という状況になります。
そしてそれを「ハワイに居たことがある」と訳すと日本語では「短い期間でも住んでたことがある」って決めつけられてしまう。日帰りでハワイに行ったのに「ハワイに居ました」とは言いにくい(間違ってはいないのに)。なので「行ったことがある」という日本語に落ち着いたのでしょう。
なお「ハワイが目的地で自分が存在した」という状況から
have been toを「行ってきたところだ」と訳すこともあります。
I have been to the post office.(私は郵便局に行ってきたところだ)のようにです。ここで「行った」という日本語になるのも上と同じです。
疑問文にすると、Has this store ever been this empty? です。
this empty の this は副詞で「こんなに」の意味です。形容詞 empty を修飾しています。