勉強お疲れ様です!
よく勉強されていますね。めちゃいいところに気付かれていますよ。結論から言えば両方ともしっかり間接疑問文の語順です。
疑問詞疑問文のルールは倒置を正すこと(疑問文を作るとき主語とbe動詞を入れ替えるよね?)。二つ目の例のwhere の法は疑問文のときに倒置が起きている。Where is the local shelter?のように。なので疑問詞疑問文にするときはwhere the local shelter isにしてやる。 Where 動詞+ 主語~ からWhere 主語+ 動詞のように
一方のWhat is the best present for herについて、主語はどこだろう?実はWhatがすでに主語なので最初から主語+動詞の順になっている。だから正す必要はないんだね。だからそのまま後ろにくっついている。
Whatはなかなか特殊で他にもWhat brought you to Japan?のようにwhatが主語になっているパターンがあるよ。
とても良いところに気付けたね、上の説明はかなり複雑で理解するのが難しいと思うけど、もし何かあれば遠慮せず質問してくださいね😊