What did you doは what疑問詞+didの文で、didはdoの過去形なので、文の訳は「何をしましたか」
What were you doing.はwhat疑問詞+過去進行形なので、「あなたは何をやっていましたか」と訳せる。
二つの違いは単純な過去形か、過去進行形か、、、つまり「やった」か「やっていた」の違いです。
_朝会って、「昨日、何したの?」と言う場面で聞くのが
What did you do. yestepday?です。
_「昨日(私はあなたに)電話したよね?(その時)何してたの?」と聞くのが
Yesterday.I called you. aren't you? What are you doing?です。