一番上の文は、男の子=次郎ということが一番言いたいこと
(1)は、男の子が泳いでいるということが一番言いたいこと、ついでに男の子＝次郎を付け足している
(2)は、訳すと「次郎は男の子です。そして、彼は泳いでいます。」となる。これは、heで男の子ということがもうわかるので、John is a boy.というのはなくていい
もし、英文を作るならば関係詞whoを使ってJiro is a boy who is swimming over there.がいいと思う！

まぁ、高校では一般的に一番上の文か関係詞を使った文を使うかな
(2)のように書いたら、まとめてひとつの文にしろと言われますね

かすみさん>ありがとうございます

書き換えるならこんな感じかな？間違えてたらごめんなさい>_<
決まりとかはわからないです、ごめんなさい；＿；