間接疑問文と、疑問文は明らかに違います。
主さんの質問にありますように、
who is lying to whom でお話しします。
間接疑問文の場合、間接というくらいですからその前になにかしら文がくるわけです。しかし、疑問文は主さんでも聞いたことがあるでしょうが、Who are you？ など、頭に5W1H以外の文がくることは滅多にありません。
しかしこれはあくまでもテクニックです。
ですから、間接疑問文の特徴を羅列しておきます。
1.文中に組み込まれる。（文頭にこないということ）
2.Wh○○○（whatやwhen）＋s＋v
3.文の流れで自然に〜かどうか、や、〜のところにと訳せる
3については慣れないと掴めないところがあります。
わかりやすい判断基準はこれらです。
もっと厳密に学びたいのであれば文法の参考書を学校でお使いのでもいいですし、一冊買って、間接疑問を徹底的に仕上げるのもありだとおもいます。
Googleで疑問文と間接疑問文の違いも調べればいくらでもでてきますよ！
がんばってください！
