ここでcome inが「進んでいる」と訳せるのはなぜなのですか？？
→ you have come in your project ＝プロジェクトが進んでいる と捉えているのだと思いますが、「意訳」に惑わされないで下さい。
これは [come in]+your project ではなく、come [in your project]と考えるべきです。
how far：どれ位の距離＋come：目的に向かって進む＋in your project：あなたのプロジェクトにおいて
→ how far you have come in your project：あなたのプロジェクトにおいて、あなたはどれ位の距離をその目的に向かって進んで来たのか
⇒ 要約・意訳：どの程度までプロジェクトが進んでいるか
参考にしてください。
