I thought[she was happy]この場合、[]は名詞節です。このthoughtとis(便宜上表示)の時制が同じならthoughtの時制に合わせてisをthoughtと同じ過去形で表示します。
一個あとに時制を戻さないといけなかったり(I'm eating dinner with Miki tonight.)これは全く違う話です。もうこれからすぐ起きる未来のことは現在進行形で表すことがあります。例えば今来るよという文は未来のことを言っていますが、
i will comeではなくi’m comingと言います。
