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それが完全文／不完全文 っていう考え方の限界です。
たまに勘違いして
完全文とか不完全文っていうのが関係詞のしくみの基本であるかのように頭に入れている人いますけど（しかも結構多い）
完全文／不完全文っていうのは、わかりやすい見分け方のコツであって、
分かりやすい文には適用できますが、関係形容詞とか、所有格のwhoseとかにはうまくハマらないんですよ。
例えば
関係代名詞の節が不完全文になる っていうのは
関係詞節のなかで、
関係代名詞自体が主語とか目的語とか補語の役割（代名詞だから）をする
っていう関係詞の基本的なしくみ
を反映したわかりやすい見抜き方です。
this is the book which I have wanted to read
っていうのは
I have wanted to read the book
のthe book がwhichになって前に出てるんだから
語順が変わってもwhichはreadの目的語ですよね。
関係詞節の中でwhichは目的語の役割をしている。だから「目的格の関係代名詞」です。
それをwhich より後ろが不完全文 って
そりゃ確かにそうだけど、
それは全てに応用できる仕組みではありません。
関係形容詞っていうのは、関係代名詞の応用です。
例えば普通の名詞でも、名詞が名詞を修飾することってありますよね。
orange juiceとかsoccer ballとか
この名詞の並びの、前の名詞が
関係代名詞になっているだけです。
関係詞はどれも2文を1つにつなぐ役割があるので
考えるときはとりあえず分解して元の文に語順も戻してみましょう。
please come at noon
I will be back in my office by that time
関係詞節になるのは下の文ですね。
語順を入れ替えてみます。
①thatがwhichに変わります。
②関係代名詞を前に出します。
ここがポイントです。
whichだけを前に出すと考えると、
前に出してるわけだから、
whichより後ろは不完全になっているはずですよね。
でも、by [抜け] time という表現が不完全だなんて
受験生には見抜けないと思います。
（だからこそ、完全文/不完全文っていうコツでごまかすんじゃなくて、基本の仕組みをじっくり理解すべきだと思う）
・whoseとかでもそうですが、
関係詞が名詞を修飾する位置につく場合
関係詞+名詞 のまとまりは崩さずに丸ごと移動させるんです。
さらに、前置詞+関係詞 のまとまり は
前置詞を後ろに残すか、前置詞ごと前に移動させるか
どちらかです。今回は後者です。
だからby which time というまとまりが丸ごと前にでているんです。
ありがとうございます！