,presenting以下をどう訳せばいいですか? → 以下のように訳ができると思います。
During busy season, several thousand barcodes required scanning, presenting major efficiency challenges to overcome.
= During busy season, several thousand barcodes required scanning, <and(接続詞) it(=several … scanning)(S) presented(V) major efficiency challenges to overcome..
※, <presenting …>:分詞構文
繁忙期には、数千のバーコードのスキャンが必要となり、そしてそれが克服すべき効率性の主要な課題を提起した。
majorはefficiencyを修飾しているのではないのですか? → 形式的にはそうですが、実質的には、そして和訳をする際には challenges(名詞)を修飾していると考えるべきです。
なぜなら、major(形容詞) efficiency(名詞の形容詞的用法) challenges(名詞) となっているからです。
参考にしてください。