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発熱・咳・鼻水などのいわゆる風邪症状は、ウイルス自体によるものではなく、ヒトの免疫作用によるものです。
ウイルスは、宿主のタンパク質生産工場（転写翻訳機能）を乗っ取り、ウイルスに必要なタンパク質を生産するようになります。これがどんどん広まって、体中のすべての細胞がウイルスに乗っ取られると、当然ヒトが死んでしまいます。
そうならないよう、ヒトの免疫機能が作用し、ウイルス自体をやっつけたり、ウイルスに感染した細胞ごと壊してしまったりします。
白血球などの免疫に関係する細胞たちが働くとき、サイトカインやヒスタミンというような物質が分泌されます。これらの物質が分泌されると、体温を上げることでさらなる免疫反応を活性化させたり、咳や鼻水をすることで体内の異物を外に排出しようとしたりといった、風邪症状が起こります。
ウイルスは、質問のなかでもおっしゃっているように、自然宿主（たとえばコウモリなど）の中にいます。
自然宿主にはずっと昔から代々感染しつづけているため、進化を通して、ウイルスと宿主お互いにうまく付き合う方法ができてきています。
ウイルスは体内で細胞を乗っ取って、宿主の細胞を殺してしまうと、短期的にはたくさんのウイルスのコピーを作ることができます。しかし、細胞が死なない程度に細胞の機能の一部だけを借りて継続的にやっていったほうが、長期的に見ると多くのウイルスのコピーを残すことができます。
なので自然宿主のなかではウイルスは弱毒化しており、うまく折り合いをつけて住んでいるというわけです。
さらにその前はウイルスはどこにいたか、という話は、まだわかっていないところが大きいです。
ウイルス自体の起源については、「細胞をもつ生物よりもウイルスのほうが昔からいた」「細胞生物が進化の中でいらないものを捨ててウイルスになった」「細胞生物のＤＮＡの一部がちぎれて自己増殖を始めたのがウイルス」など、さまざまな説が提唱されています。
ぜひご自身でいろいろと調べてみてください。
丁寧な回答をしてくださりありがとうございます！
分かりました！ 自分でも深めてみようと思います！