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[1つ目の質問について]
この部分はqが素数であることを示しています。
qがもし素数でないとすると、約数r(≠1)が存在しますが、qの最小性よりr=qとなって、qが素数であることが示される、ということです。
集合Pを表すときにrを使っていますが、それとは別物と捉えていいと思います。lでもkでもなんでもいいのでただ文字として置きましょう。
[2つ目の質問について]
mがqで割り切れるなら、qの約数であるrでもmは割り切れるという意味です。
先ほども言いましたが、Pの定義のrとは別物と考えてください。
いずれも混同するようであれば、違う文字で置くことを推奨します。
[全体的な証明の意図について]
・「素数が無限に存在する」→「どんなに大きな数を選んだとしても、それより大きな素数が存在する」
つまり「無限」の証明→「上には上がいる」証明にチェンジ!
・任意の自然数nで割り切れない数をm=n!+1とする。
・1以外の数で、かつmを割り切る数の集合をPとする。
・m∈PよりPは空集合ではないので最小の要素qが存在。
・mは1〜nでは割り切れないけどqでは割り切れる→n<q。
・qが素数であることを示す。
以上より、nをどんなに大きな数にしても、n<qとなる素数qが存在することが示された。
なるほど〜。とてもわかりやすい回答で、スッキリしました。本当にありがとうございました。