具有相同的祖先,則稱它們同源。這裡相同的祖先既可以指演化意義上的祖先,即兩個結構由一個共同的祖先演化而來(在這個意義上,蝙蝠的翅膀與人類的手臂是同源的),也可以指發育意義上的祖先,即兩個結構由胚胎時期的同一組織發育而來(在這個意義上,人類女性的卵巢與男性的睪丸同源)。
同源這一概念需與相似區分開來。比如說,昆蟲的翅膀、蝙蝠的翅膀和鳥類的翅膀是相似的,但卻不同源,這種現象被稱為同功。這些相似的結構由不同的渠道演化而來,這種演化過程叫做趨同演化。
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