そもそも、旧約聖書から、ユダヤ教、イスラム教(新約聖書)、イスラム教がわかれていますから、聖地が同じでもおかしくはありません。
日本の仏教で例えるなら、この3つの宗教は、宗派の違いくらいの違いしか無いのです。まったく別物の宗教に見えますけどね。
で、世界の終末を意味するハルマゲドンは,「メギドの丘」を意味するヘブライ語から派生した言葉です。
メギドの平野は、エルサレムの北方約80㎞に位置するエスドラエロン平原の西部にあります。
ゴルゴタの丘は、キリストが処刑されたエルサレムにある丘です。漫画「ゴルゴ13」のゴルゴはこの丘の名前から来ています。
もし興味があれば、イスラエルの国とか、エルサレムについて調べても面白いと思います。