アベリーの実験の結論を先に書いてしまいますが、彼の実験の結論はDNAが遺伝物質だということです。
質問の実験ではS型菌から抽出したのはS型菌のタンパク質ですからR型菌をS型菌に変えることはできないのでS型菌は出現せず、R型菌のままです。
質問の文にある「s型菌をすりつぶしてつくった抽出液をタンパク質分解酵素で処理するとS型菌が出現した」ということはタンパク質分解酵素で処理しているわけですからタンパク質を取り除いたということです。ここではs型菌をすりつぶしてつくった抽出液を使っていますからタンパク質もDNAもRNAもその他のものも入っていたところから、タンパク質だけを除いたわけです。タンパク質を除いてもR型菌からS型菌が出現したわけですからタンパク質は必要ないということになります。
理解しました!とてもわかりやすくありがとうございます!