ありがとうございます！

・完了形で″行ったことがある″と表現するときは、have gone ではなく have been を使います。また、″それまでに行ったことがなかった″という否定ですからnever。
⇒ I had gone → I had never been

・be動詞は＝(イコール)関係を表す動詞ですから、この文だと″京都は、たくさんのきれいなお寺でおいしいスイーツ″になってしまいます。だから、″京都には〜があります″という表現に直します。
⇒ Kyoto was a lot of beautiful temples 〜 → Kyoto has a lot of beautiful temples 〜

・go は自動詞ですから、目的語をとれません。また、一度出てきた場所を表す時は、thereを使います。
⇒ go it → go there

I had gone〜という文はどういう日本語訳ですか？